Ο σύγχρονος οικισμός κτίστηκε το 1810. Παλαιότερα υπήρχε οικισμός όπως μαρτυρεί και η παλιά εκκλησία του 1650. Συχνά οι παραποτάμιοι οικισμοί καταστρέφονταν από τις πλημμύρες του Αξιού. Γύρω στο 1800, στην περιοχή υπήρχαν πρόχειροι οικισμοί από καλύβες, ανθρώπων που δούλευαν στα κτήματα Οθωμανών. Από το 1800, λόγω αλλαγής της κοίτης του Αξιού, οι κάτοικοι εγκατέλειπαν τις καλύβες και δημιούργησαν τον οικισμό στη θέση όπου υπήρχε και ο παλαιός. Εκείνη την εποχή κτίστηκε και η εκκλησία του χωριού (Πέτρου και Παύλου), όπως προκύπτει και από τις επιγραφές του ναού. Αρχικά το χωριό ονομάζονταν Πέτρελι ή Πέτροβο. Την εποχή εκείνη (δεκαετία του 1810) κτίστηκε και το σχολείο απέναντι από την εκκλησία, το οποίο λειτούργησε έως το 1898, οπότε κατεδαφίστηκε για να κτιστεί νέο στη θέση του. Κατά το Μακεδονικό Αγώνα, οι κάτοικοι συμμετείχαν ενεργά και το χωριό γνώρισε αρκετές καταστροφές. Αυτοί που διακρίθηκαν στους αγώνες εκείνης της περιόδου από τον Άγιο Πέτρο, ήταν ο Νικόλαος Γεωργιάδης, ο Χρήστος Ιωαννίδης, ο Δημήτριος Καραστογιάνννης, ο Αθανάσιος Καρατραγιάνης, ο Σταύρος Καρατραγιάννης, η Αικατερίνη Κιτσούκη, ο Σταύρος Κιτσούκης, ο Σωτήριος Κοτζαμπάσης, ο Αθανάσιος Παπαδόπουλος, ο Διονύσιος Παπαδόπουλος και πατήρ-Εμμανουήλ Παπαμανώλης, καθώς και οι οπλαρχηγοί Ιωάννης Ήλκος και Νικόλαος Καραστογιάννης. Ο Άγιος Πέτρος χαρακτηρίστηκε από τους στρατηγούς Κωνσταντίνο Μαζαράκη Αινιάνα και Ιώαννη Δεμέστιχα ως "Σούλι της Μακεδονίας", λόγω της γεναιότητας και της αυτοθυσίας των κατοίκων του, εκείνη την εποχή.

Το 1925, εγκαταστάθηκαν και πολλοί πρόσφυγες από Ανατολική Θράκη και Μικρά Ασία. Κατά τη διάρκεια της Γερμανικής κατοχής και του Ελληνικού εμφυλίου πολέμου, το χωριό δοκιμάστηκε, και είχε πολλά θύματα και υλικές καταστροφές.

Σήμερα..

Στο χωριό, λειτουργεί παιδικός σταθμός, νηπιαγωγίο και δημοτικό σχολείο.  Στους συλλόγους του χωριού συγκαταλέγεται και ο αθλητικός σύλλογος του χωριου ΘΥΕΛΛΑ Αγίου Πέτρου (έτος ίδρυσης 1966).

Στο χωριό επίσης, υπάρχει

η εκκλησία των Αποστόλων Πέτρου και Παύλου,